Քաջարան համայնքը գտնվում է  Հայաստանի Հանրապետության հարավ-արևմուտքում, Զանգեզուրի լեռնաշղթայի արևելյան ճյուղավորումների, Բարգուշատի լեռնաշղթայի հարավային և Մեղրու լեռնաշղթայի հյուսիսային լեռնաբազուկների վրա: Տարածքն ընդգրկում  է Ողջի գետի վերին ավազանը և Գողի գետի ավազանն  ամբողջությամբ: 

Տարածքի մակերեսը 57.927 հեկտար է։ Բարձրությունը ծովի մակարդակից՝ առավելագույնը` 3904մ (Կապուտջուղ լ.), նվազագույնը` 1.200 մ։ Գտնվում է 9 բալանոց սեյսմիկ ուժգնության և բարձր սողանքավտանգավորություն գոտում։ Առկա են խոշոր սողանքային տարածքներ` մի քանի ակտիվ օջախներով: